清初，曹洞宗道独、天然诸师驻锡广州。康熙五年，平南王尚可喜，布施琉璃绿瓦建寺起，一百多年间，经数代高僧的岁增月补，惨淡经营，相续建成佛殿、禅堂、楼阁、宝塔等。因为地处珠江南岸，寺院格局坐南朝北，以珠江水路作为出入寺院的交通通道。寺院建筑布局，总体遵循明代“东内西外”的佛寺建制，但细节处，以文人山水入日常庭院，月榭风廊，画轩幽亭，亦园亦寺，为粤东诸君子吟赏之地。时人陈官赞之曰：“诸殿及台阶，博丽整齐，虽金陵之承恩、报恩，西湖灵隐、静慈，未之或过。”